Zpět na hledání
| Identifikační kód | RIV/60077344:_____/22:00561298 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Toward global integration of biodiversity big data: a harmonized metabarcode data generation module for terrestrial arthropods |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10619 - Biodiversity conservation |
| Rok uplatnění | 2022 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 2 |
| Počet tvůrců celkem | 19 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Vojtěch Novotný (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4876954, orcid: 0000-0001-7918-8023, researcherid: G-9434-2014) C. Andújar (státní příslušnost: ES - Španělské království) P. Arribas (státní příslušnost: ES - Španělské království) K. Bohmann (státní příslušnost: DK - Dánské království) T. J. Creedy (státní příslušnost: GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska) J. R. Dewaard (státní příslušnost: CA - Kanada) E. P. Economo (státní příslušnost: JP - Japonsko) V. Elbrecht (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) B. C. Emerson (státní příslušnost: ES - Španělské království) S. Geisen (státní příslušnost: NL - Nizozemsko) M. Goberna (státní příslušnost: ES - Španělské království) H. Krehenwinkel (státní příslušnost: DE - Spolková republika Německo) E. Meramveliotakis (státní příslušnost: CY - Kyperská republika) H. Morlon (státní příslušnost: FR - Francouzská republika) V. Noguerales (státní příslušnost: ES - Španělské království) I. Overcast (státní příslušnost: FR - Francouzská republika) A. Papadopoulou (státní příslušnost: CY - Kyperská republika) A. P. Vogler (státní příslušnost: GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska) L. Zinger (státní příslušnost: NL - Nizozemsko) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Metazoan metabarcoding is emerging as an essential strategy for inventorying biodiversity, with diverse projects currently generating massive quantities of community-level data. The potential for integrating across such data sets offers new opportunities to better understand biodiversity and how it might respond to global change. However, large-scale syntheses may be compromised if metabarcoding workflows differ from each other. There are ongoing efforts to improve standardization for the reporting of inventory data. However, harmonization at the stage of generating metabarcode data has yet to be addressed. A modular framework for harmonized data generation offers a pathway to navigate the complex structure of terrestrial metazoan biodiversity. Here, through our collective expertise as practitioners, method developers, and researchers leading metabarcoding initiatives to inventory terrestrial biodiversity, we seek to initiate a harmonized framework for metabarcode data generation, with a terrestrial arthropod module. We develop an initial set of submodules covering the 5 main steps of metabarcode data generation: (i) sample acquisition, (ii) sample processing, (iii) DNA extraction, (iv) polymerase chain reaction amplification, library preparation, and sequencing, and (v) DNA sequence and metadata deposition, providing a backbone for a terrestrial arthropod module. To achieve this, we (i) identified key points for harmonization, (ii) reviewed the current state of the art, and (iii) distilled existing knowledge within submodules, thus promoting best practice by providing guidelines and recommendations to reduce the universe of methodological options. We advocate the adoption and further development of the terrestrial arthropod module. We further encourage the development of modules for other biodiversity fractions as an essential step toward large-scale biodiversity synthesis through harmonization. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | metabarcoding;arthropods;harmonization |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | https://academic.oup.com/gigascience/article-pdf/doi/10.1093/gigascience/giac065/45025316/giac065.pdf |
| DOI výsledku | 10.1093/gigascience/giac065 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | GigaScience |
|---|---|
| ISSN | 2047-217X |
| e-ISSN | 2047-217X |
| Svazek periodika | 11 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | JULY 19 |
| Stát vydavatele periodika | GB - Spojené království Velké Británie a Severního Irska |
| Počet stran výsledku | 12 |
| Strana od-do | giac065 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000846739000079 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85134557257 |
| Způsob publikování výsledku | A - Open Access |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biologické centrum AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2023 |
| Specifikace | RIV/60077344:_____/22:00561298!RIV23-AV0-60077344 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 05.04.2023 |
| Kontrolní číslo | 192416890 ( v1.0 ) |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného ostatními předkladateli
| Dodáno MŠMT v roce 2023 | RIV/60076658:12310/22:43904730 v dodávce dat RIV23-MSM-12310___ předkladatelem Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích / Přírodovědecká fakulta |
|---|
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |
|---|