| Identifikační kód |
RIV/68081707:_____/15:00446303 |
| Název v anglickém jazyce |
Molecular dynamic simulations of protein/RNA complexes: CRISPR/Csy4 endoribonuclease |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
- |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Obor - skupina |
B - Fyzika a matematika |
| Obor |
BO - Biofyzika |
| Rok uplatnění |
2015 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
5 |
| Počet tvůrců celkem |
6 |
| Počet domácích tvůrců |
2 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Miroslav Krepl (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4999924)
Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779)
P. Banáš (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
C. Estarellas (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
J. Koča (státní příslušnost: CZ - Česká republika)
M. Otyepka (státní příslušnost: CZ - Česká republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
Background: Many prokaryotic genomes comprise Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats (CRISPRs) offering defense against foreign nucleic acids. These immune systems are conditioned by the production of small CRISPR-derived RNAs maturedfrom long RNA precursors. This often requires a Csy4 endoribonuclease cleaving the RNA 3'-end. Methods: We report extended explicit solvent molecular dynamic (MD) simulations of Csy4/RNA complex in precursor and product states, based on X-ray structuresof product and inactivated precursor (55 simulations; similar to 3.7 mu s in total). Results: The simulations identify double-protonated His29 and deprotonated terminal phosphate as the likely dominant protonation states consistent with the product structure. We revealed potential substates consistent with Ser148 and His29 acting as the general base and acid, respectively. The Ser148 could be straightforwardly deprotonated through solvent and could without further structural rearrangemen |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
CLASSICAL DRUDE OSCILLATOR; SUGAR-PHOSPHATE BACKBONE; POLARIZABLE FORCE-FIELD |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
- |
| DOI výsledku |
10.1016/j.bbagen.2014.10.021 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |