| Identifikační kód |
RIV/68081707:_____/20:00537735 |
| Název v anglickém jazyce |
Diversity of Parallel Guanine Quadruplexes Induced by Guanine Substitutions |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Vědní obor |
10608 - Biochemistry and molecular biology |
| Rok uplatnění |
2020 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
3 |
| Počet tvůrců celkem |
3 |
| Počet domácích tvůrců |
3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Klára Bednářová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2265028, orcid: 0000-0002-7929-0455)
Daniel Renčiuk (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6876455, orcid: 0000-0001-9293-7105, researcherid: H-1906-2014)
Michaela Vorlíčková (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 6871569, orcid: 0000-0002-9153-5099, researcherid: D-9779-2012) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
Recently, we reported an inhibitory effect of guanine substitutions on the conformational switch from antiparallel to parallel quadruplexes (G4) induced by dehydrating agents. As a possible cause, we proposed a difference in the sensitivity of parallel and antiparallel quadruplexes to the guanine substitutions in the resulting thermodynamic stability. Reports on the influence of guanine substitutions on the biophysical properties of intramolecular parallel quadruplexes are rare. Moreover, such reports are often complicated by the multimerisation tendencies of parallel quadruplexes. To address this incomplete knowledge, we employed circular dichroism spectroscopy (CD), both as stopped-flow-assisted fast kinetics measurements and end-point measurements, accompanied by thermodynamic analyses, based on UV absorption melting profiles, and electrophoretic methods. We showed that parallel quadruplexes are significantly more sensitive towards guanine substitutions than antiparallel ones. Furthermore, guanine-substituted variants, which in principle might correspond to native genomic sequences, distinctly differ in their biophysical properties, indicating that the four guanines in each tetrad of parallel quadruplexes are not equal. In addition, we were able to distinguish by CD an intramolecular G4 from intermolecular ones resulting from multimerisation mediated by terminal tetrad association, but not from intermolecular G4s formed due to inter-strand Hoogsteen hydrogen bond formation. In conclusion, our study indicates significant variability in parallel quadruplex structures, otherwise disregarded without detailed experimental analysis. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
anti-hiv;stability;stacking;lesions;dimer;parallel guanine quadruplex;circular dichroism |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
http://apps.webofknowledge.com/InboundService.do?customersID=Alerting&mode=FullRecord&IsProductCode=Yes&product=WOS&Init=Yes&Func=Frame&DestFail=http%3A%2F%2Fwww.webofknowledge.com&action=retrieve&SrcApp=Alerting&SrcAuth=Alerting&SID=E4SFQpVfVUW1Pa8UB8d&UT=WOS%3A000571160100001 |
| DOI výsledku |
10.3390/ijms21176123 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |