| Identifikační kód |
RIV/68081707:_____/21:00554790 |
| Název v anglickém jazyce |
Recognition of N6-Methyladenosine by the YTHDC1 YTH Domain Studied by Molecular Dynamics and NMR Spectroscopy: The Role of Hydration |
| Druh |
J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh |
J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk |
eng - angličtina |
| Vědní obor |
10406 - Analytical chemistry |
| Rok uplatnění |
2021 |
| Kód důvěrnosti údajů |
S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku |
4 |
| Počet tvůrců celkem |
7 |
| Počet domácích tvůrců |
3 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců |
Miroslav Krepl (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4999924, orcid: 0000-0002-9833-4281)
Pavlína Pokorná (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5550988, orcid: 0000-0003-0498-0889)
Jiří Šponer (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3223779, orcid: 0000-0001-6558-6186, researcherid: D-9467-2012)
F.H.T. Allain (státní příslušnost: CH - Švýcarská konfederace)
F.F. Damberger (státní příslušnost: CH - Švýcarská konfederace)
D. Theler (státní příslušnost: CH - Švýcarská konfederace)
C. von Schroetter (státní příslušnost: CH - Švýcarská konfederace) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce |
The YTH domain of YTHDC1 belongs to a class of protein readers, recognizing the N6-methyladenosine (m(6)A) chemical modification in mRNA. Static ensemble-averaged structures revealed details of N6-methyl recognition via a conserved aromatic cage. Here, we performed molecular dynamics (MD) simulations along with nuclear magnetic resonance (NMR) and isothermal titration calorimetry (ITC) to examine how dynamics and solvent interactions contribute to the m(6)A recognition and negative selectivity toward an unmethylated substrate. The structured water molecules surrounding the bound RNA and the methylated substrate's ability to exclude bulk water molecules contribute to the YTH domain's preference for m(6)A. Intrusions of bulk water deep into the binding pocket disrupt binding of unmethylated adenosine. The YTHDC1's preference for the 5'-Gm(6)A-3' motif is partially facilitated by a network of water-mediated interactions between the 2amino group of the guanosine and residues in the m(6)A binding pocket. The 5'-Im(6)A-3' (where I is inosine) motif can be recognized too, but disruption of the water network lowers affinity. The D479A mutant also disrupts the water network and destabilizes m(6)A binding. Our interdisciplinary study of the YTHDC1 protein-RNA complex reveals an unusual physical mechanism by which solvent interactions contribute toward m(6)A recognition. |
| Klíčová slova oddělená středníkem |
force-field;structural basis;ring-current;m(6)a rna;parameters |
| Stránka www, na které se nachází výsledek |
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jpcb.1c03541 |
| DOI výsledku |
10.1021/acs.jpcb.1c03541 |
| Odkaz na údaje z výzkumu |
- |