Zpět na hledáníMicrodiversification of a Pelagic Polynucleobacter Species Is Mainly Driven by Acquisition of Genomic Islands from a Partially Interspecific Gene Pool (2017)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/60077344:_____/17:00480485 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | Microdiversification of a Pelagic Polynucleobacter Species Is Mainly Driven by Acquisition of Genomic Islands from a Partially Interspecific Gene Pool |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | J/A - Článek v odborném periodiku je obsažen v databázi Web of Science společností Thomson Reuters s příznakem „Article“, „Review“ nebo „Letter“ (Jimp) |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Vědní obor | 10606 - Microbiology |
| Rok uplatnění | 2017 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 1 |
| Počet tvůrců celkem | 5 |
| Počet domácích tvůrců | 1 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jitka Jezberová (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4562275, researcherid: G-1024-2014) M.W. Hahn (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) M. Hoetzinger (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) U. Koll (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) J. Schmidt (státní příslušnost: AT - Rakouská republika) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | Microdiversification of a planktonic freshwater bacterium was studied by comparing 37 Polynucleobacter asymbioticus strains obtained from three geographically separated sites in the Austrian Alps. Genome comparison of nine strains revealed a core genome of 1.8 Mb, representing 81% of the average genome size. Seventy-five percent of the remaining flexible genome is clustered in genomic islands (GIs). Twenty-four genomic positions could be identified where GIs are potentially located. These positions are occupied strain specifically from a set of 28 GI variants, classified according to similarities in their gene content. One variant, present in 62% of the isolates, encodes a pathway for the degradation of aromatic compounds, and another, found in 78% of the strains, contains an operon for nitrate assimilation. Both variants were shown in ecophysiological tests to be functional, thus providing the potential for microniche partitioning. In addition, detected interspecific horizontal exchange of GIs indicates a large gene pool accessible to Polynucleobacter species. In contrast to core genes, GIs are spread more successfully across spatially separated freshwater habitats. The mobility and functional diversity of GIs allow for rapid evolution, which may be a key aspect for the ubiquitous occurrence of Polynucleobacter bacteria. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | Polynucleobacter;ecophysiology;environmental genomics;functional diversity |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1128/AEM.02266-16 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Applied and Environmental Microbiology |
|---|---|
| ISSN | 0099-2240 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 83 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 3 |
| Stát vydavatele periodika | US - Spojené státy americké |
| Počet stran výsledku | 19 |
| Strana od-do | |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000393480900003 |
| EID výsledku v databázi Scopus | 2-s2.0-85010201942 |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Biologické centrum AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2018 |
| Specifikace | RIV/60077344:_____/17:00480485!RIV18-AV0-60077344 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 04.05.2018 |
| Kontrolní číslo | 191972145 ( v1.0 ) |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Podpora / návaznosti | Institucionální podpora na rozvoj výzkumné organizace |
|---|