Zpět na hledáníOn the reliability of the corrected semiempirical quantum chemical method (PM6-DH2) for assigning the protonation states in HIV-1 protease/inhibitor complexes (2011)výskyt výsledku
| Identifikační kód | RIV/61388963:_____/11:00368013 |
|---|---|
| Název v anglickém jazyce | On the reliability of the corrected semiempirical quantum chemical method (PM6-DH2) for assigning the protonation states in HIV-1 protease/inhibitor complexes |
| Druh | J - Recenzovaný odborný článek (Jimp, Jsc a Jost) |
| Poddruh | - |
| Jazyk | eng - angličtina |
| Obor - skupina | C - Chemie |
| Obor | CF - Fyzikální chemie a teoretická chemie |
| Rok uplatnění | 2011 |
| Kód důvěrnosti údajů | S - Úplné a pravdivé údaje o výsledku nepodléhající ochraně podle zvláštních právních předpisů. |
| Počet výskytů výsledku | 3 |
| Počet tvůrců celkem | 7 |
| Počet domácích tvůrců | 7 |
| Výčet všech uvedených jednotlivých tvůrců | Jindřich Fanfrlík (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 3849147) Jaroslav Granatier (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 4792335) Pavel Hobza (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 2932016) Martin Lepšík (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5796644) Adam Pecina (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 8007934) Ondřej Přenosil (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 7396317) Jan Řezáč (státní příslušnost: CZ - Česká republika, domácí tvůrce: A, vedidk: 5993768) |
| Popis výsledku v anglickém jazyce | A novel computational protocol for studying protonation in protein/ligand complexes is presented. We use a QM/MM approach in which the large QM part (the ligand and the active site) are treated using the corrected semiempirical method PM6-DH2, while theMM part (the rest of the protein and the surrounding solvent) are calculated using MM/GB method. This approach is applied to two model systems, the carboxylate pairs in HIV-1 protease/inhibitor complexes. The computationally more costly DFT optimizationsare performed for a smaller QM part as a check of the correctness. Proton transfer (PT) phenomena occur at both the PM6-D2 and DFT levels, which underlines the requirement for a QM approach. The barriers of PT are checked in model carboxylic acid pairsusing the highly accurate MP2 and CCSD(T) values. An important result of this study is the fine-tuning of the protocol which can be used in further applications; its limitations are also shown, pointing to future developments. |
| Klíčová slova oddělená středníkem | HIV-1 protease inhibition; protonation; QM/MM calculations |
| Stránka www, na které se nachází výsledek | - |
| DOI výsledku | 10.1135/cccc2011035 |
| Odkaz na údaje z výzkumu | - |
Údaje o výsledku v závislosti na druhu výsledku
| Název periodika | Collection of Czechoslovak Chemical Communications |
|---|---|
| ISSN | 0010-0765 |
| e-ISSN | - |
| Svazek periodika | 76 |
| Číslo periodika v rámci uvedeného svazku | 5 |
| Stát vydavatele periodika | CZ - Česká republika |
| Počet stran výsledku | 23 |
| Strana od-do | 457-479 |
| Kód UT WoS článku podle Web of Science | 000290280100009 |
| EID výsledku v databázi Scopus | - |
| Způsob publikování výsledku | - |
| Předpokládaný termín zveřejnění plného textu výsledku | - |
Ostatní informace o výsledku
| Předkladatel | Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i. |
|---|---|
| Dodavatel | AV0 - Akademie věd České republiky (AV ČR ) |
| Rok sběru | 2012 |
| Specifikace | RIV/61388963:_____/11:00368013!RIV12-AV0-61388963 |
| Datum poslední aktualizace výsledku | 29.05.2012 |
| Kontrolní číslo | 13232187 |
Informace o dalších výskytech výsledku dodaného stejným předkladatelem
| Dodáno MŠMT v roce 2012 | RIV/61388963:_____/11:00368013 v dodávce dat RIV12-MSM-61388963/01:1 |
|---|---|
| Dodáno GA ČR v roce 2012 | RIV/61388963:_____/11:00368013 v dodávce dat RIV12-GA0-61388963/01:1 |
Odkazy na výzkumné aktivity, při jejichž řešení výsledek vznikl
| Výzkumný záměr podporovaný AV ČR | AV0Z40550506 - Regulace biologických procesů: Chemické modulátory vybraných systémů významných pro medicínu a zemědělství (2005 - 2010) |
|---|